腔鏡中心是國內兒童醫院最早開展腹腔鏡手術的單位之一。1983年就已經將腔鏡技術應用于小兒外科，積極推進兒童腔鏡技術的發展和應用。2018年完成腔鏡手術3952臺，近 3年每年腹腔鏡膽總管囊腫手術 120-150例(累積已經完成超過500例，居全國單中心第二)，腹腔鏡巨結腸根治手術70-80例。中心有多名醫師獲得達芬奇手術資質，已經完成達芬奇手術30余例，包括腎盂整形術、后腹膜腫瘤切除術、膽總管囊腫根治術等。腹腔鏡肝葉切除、脾臟部分切除、胰腺部分切除、肺葉/肺段切除、食道裂孔疝修補等技術也在國內處于領先水平。

腔鏡中心分診療區、清洗消毒區、清潔區，有專職的內鏡消毒人員，有先進的內鏡清洗消毒設備，內鏡及附件的消毒完全按衛生部《內鏡清洗消毒技術操作規范》嚴格進行并定期對內鏡進行致病微生物的檢測和培養。